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注册资金的数额与需要缴纳的税款之间没有直接关系。企业应纳税额与其经营所得、利润等经济指标有关，而与注册资金数额关系不大。具体来说，税款金额取决于企业的收入规模以及适用的税率。因此，注册资金为5000万的企业需要缴纳的税款取决于其实际经营情况和相关税收政策。

如果需要了解更具体的税务问题，建议咨询专业的税务人员或机构。